流行性出血熱在發熱期會出現典型三紅三痛臨床表現，當早期發現時就可以進行早期診斷。三紅指顏面部、頸部和胸部充血，病人為酒醉貌，原因是毛細血管損害，故患者表現出皮膚充血、水腫癥狀。三痛一般就是頭痛、腰痛和眼眶痛，也是毛細血管損害后引起的組織臟器水腫表現。但因頭顱是骨性結構，眼眶也是骨性結構，所以內部組織水腫、腫脹后可感覺到明顯疼痛，甚至有患者還會出現腦壓增高，從而引起噴射性嘔吐癥狀。 此外，部分患者會因腸系膜明顯水腫引起腹痛，甚至以急腹癥就診于外科。流行性出血熱是全身多臟器損害疾病，故部分病人是從其他科室發現后轉到感染科。