男生小便疼痛的原因，主要包括以下幾個方面：1、尿道炎：男生小便疼痛最常見于尿道炎，男生發生尿道炎時，會在尿道黏膜表面形成水腫、糜爛，還會形成黏膜破損，會出現水皰、膿皰。當水皰、膿皰破裂后會產生局部刺癢和局部疼痛癥狀，還會出現尿道口分泌物；2、尿道結石：當結石嵌頓在尿道黏膜，引起尿道黏膜水腫、糜爛后，會引起尿道刺痛或尿道隱痛的癥狀，男生在排尿時還會出現尿痛的癥狀，嚴重時還會伴有血尿癥狀；3、輸尿管末端結石：男生發生末端輸尿管結石時，由于結石引起輸尿管末端嵌頓，引起上段輸尿管痙攣，男生會出現反射性尿道疼痛的癥狀，還會伴有膀胱刺激癥狀，出現尿頻、尿急、尿痛和排尿不盡的癥狀。男生出現上述癥狀時，應當及時到泌尿外科就醫，通過泌尿系彩超檢查，可以除外有無輸尿管末端結石，有無尿道結石。通過尿道分泌物檢查，通常能找到致病微生物，通過選擇有效的抗生素配合中成藥物治療，多數男生尿痛癥狀會明顯好轉。