早上起來小便疼痛的主要病因包括以下幾個方面：1、尿道炎：包括非淋菌性尿道炎和淋菌性尿道炎，是小便疼痛最常見的原因。發生非淋菌性尿道炎時，由于感染性致病菌刺激，尿道黏膜出現紅腫、糜爛，甚至出現水皰、膿皰，水皰、膿皰破裂后會形成局部糜爛面，病人還會出現尿道口分泌物。而發生淋菌性尿道炎時會出現膿性分泌物，由于淋球菌可導致尿道黏膜紅腫、糜爛，還會出現局部刺痛、局部刺癢等癥狀；2、尿道結石：病人發生尿道結石時，結石嵌頓引起后尿道梗阻，會出現排尿不盡、排尿疼痛的癥狀，通常還可伴有鏡下血尿或肉眼血尿。病人出現早起小便疼痛應及時到泌尿外科就醫，通過泌尿系彩超檢查可以發現有無后尿道結石，通過尿道分泌物培養可以找到致病微生物。通過選擇有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散，配合阿奇霉素治療，多數病人癥狀會明顯好轉。