男性小便疼痛的原因有以下幾種：1、炎癥：尿道炎癥包括尿道炎、膀胱炎等可以造成小便疼痛，患者排尿時有疼痛感或者燒灼感，這是因為炎癥對尿道黏膜和膀胱黏膜的刺激，導致尿道對尿液過于敏感；2、尿道結構異常：比如尿道狹窄，導致排尿不通暢，狹窄伴發炎癥也可以導致小便疼痛；3、尿道結石：尿道結石刺激尿道黏膜，導致患者出現疼痛癥狀，或者排尿時尿液受阻，導致尿道痙攣，產生疼痛。男性小便疼痛的原因較多，需要到醫院做進一步的檢查明確病因。