雙歧桿菌建議在飯后吃，它作為活菌制劑，主要適用于治療腸道菌群失調所引起的腸功能紊亂，如急性、慢性腹瀉以及便秘等一系列癥狀。雙歧桿菌需要注意在儲存過程中避免接觸高溫，以免導致活菌滅活，此外在用藥時也盡量不要用溫度過高的水來送服。還要避免和抗菌藥物同時服用，因為抗菌藥物有可能會殺滅其中的活菌。此外需要注意對本品過敏者禁用，過敏體質者也應該慎用，在用藥過程中還要注意藥物的相互作用，如在和抗酸藥合用時，可能會減弱其療效。雙歧桿菌作為雙歧桿菌的活菌制劑，主要可以和其它厭氧菌共同占據腸黏膜的表面，形成生物屏障，從而阻止病菌的定植和入侵，產生乳酸和醋酸，降低腸道內的pH值，從而抑制致病菌的生長。部分患者在患病后長期口服抗菌藥物，可能會引起菌群失調，這種情況下就需要口服來補充活菌制劑。