雙歧桿菌屬于益生菌，相對而言副作用比較少，可以進行較長時間的服用，但是并不建議一直長期的服用，因為藥物的服用，還是應該根據患者病情以及病程長短來決定。雙歧桿菌主要用于腸功能的紊亂以及腸道的菌群失調，對于老年人，如果出現反復的腹瀉，特別是用了抗生素以后出現這樣的癥狀，考慮存在腸道菌群的失調，建議適當的運用雙歧桿菌。如果腹瀉停止，可以在腹瀉停止以后，再運用3-5天即可。對于慢性腸炎，比如潰瘍性結腸炎的患者，有的時候加用雙歧桿菌，對疾病有輔助的作用。但是如果一旦潰瘍性結腸炎，從急性期變成緩解期，首先停用的藥物也可以是雙歧桿菌。其他的一些，比如5-氨基水楊酸類的藥物或者免疫抑制劑，這種藥物對于潰瘍性結腸炎的患者，需要在醫生的指導下，長期甚至終身的服用。總而言之，雙歧桿菌長時間的運用，副作用比較少，但是也應該根據患者的病情以及癥狀，及時的停用藥物。