雙歧桿菌通常建議飯后服用，飯后可用溫開水或者溫牛奶送服。雙歧桿菌主要采用活菌制劑，若溫度過高會導致活菌滅活，通常建議溫度不超過40℃。臨床上包括三聯活菌制劑和四聯活菌制劑，如長雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、糞腸球菌等，四聯活菌制劑還包含蠟樣芽孢桿菌等，兩種制劑的活菌種類和數量有所區別。上述藥物主要用于治療與腸道菌群相關的癥狀，如腸道菌群失調引起的腹瀉、便秘及功能性消化不良等。此外若長期口服廣譜抗生素，可能因為腸道菌群的破壞引起菌群失調，從而出現腹瀉等癥狀，此時也可以服用雙歧桿菌進行治療。