含牙囊腫的手術本身危險性不大，因為在口腔頜面外科，含牙囊腫只是一級手術，就是一般住院醫師都能完成的手術。手術風險在術前醫生都會和每個患者交代，具體的風險分析如下：1、麻醉風險：有很多患者，比如年齡很小的小孩或高齡的有全身心腦血管疾病的患者，手術風險主要是麻醉風險，包括心腦血管意外；2、感染或神經損傷風險：局部術后可能會有感染或碰到頜骨內的神經，比如下牙槽神經等，造成神經損傷風險；3、損傷鄰牙的風險：造成鄰牙的牙髓壞死、牙齒松動等；4、復發風險：含牙囊腫雖然歸于良性腫瘤類手術，但是囊壁不能完全切除，就會有復發的風險。含牙囊腫手術作為口腔頜面外科的手術，風險度總體不高。