通常情況下，含牙囊腫早期無明顯癥狀，患者也不會疼，也沒有什么不舒服，所以通常發現的時候都比較大。往往患者發現牙齒一直沒有萌出，或發現臉部膨隆、變形才到醫院檢查，拍片可發現頜骨內較大的囊腫。 一般含牙囊腫發展到后期可有明顯的頜骨破壞，導致患者一側頜骨隆起，臉部不對稱。嚴重的時候頜骨完全被破壞，就有可能會發生頜骨骨折，如咬硬東西的時候下頜骨折斷。 部分含牙囊腫患者也可能伴發感染，進而導致局部腫痛，也有的人是因為這樣的原因到醫院就診，大部分情況下需要手術治療。