含牙囊腫的根本原因是牙齒因為各種原因不能正常萌出到口腔，牙在頜骨內長期存在，很容易出現含牙囊腫。因為此類牙本身有牙囊，會刺激周圍的細胞產生過多的液體，最終形成囊性腫物。成人最多見于磨牙后區，也就是智齒導致的含牙囊腫。很多智齒都是因為萌出沒有位置，或者萌出方向不正確，無法出現在口腔內。一般在中年或中老年，才會發現，而且經常是雙側發病。兒童的混合牙列期，即替牙期的兒童，也經常會發生含牙囊腫。含牙囊腫經常出現于頜骨內的恒牙胚，也是由于恒牙胚因為不明原因而分泌過多的液體。在治療方面，成人和兒童的含牙囊腫治療不一樣，成人多采用刮治或者開窗治療。而兒童混合牙列期的含牙囊腫，一般采用開窗治療的方法，可以保護兒童的恒牙胚。