含牙囊腫的治療，總體來講，處于生長發育期的患兒，含牙囊腫較小，可采取手術治療；含牙囊腫較大，位置比較特殊，首先需要開窗治療，由于兒童成骨能力很強，開窗后絕大多數患兒，牙齒可自行萌出，囊腫消退，后期進行一個微小的根治術即可。對于成年人，囊腫長至上頜骨，與上頜竇相通，建議進行囊腫根治和上頜竇根治；長至下頜骨，則需要截骨根治。