肛拭子檢查主要用于胃腸道感染疾病的診斷，尤其是細菌性痢疾的診斷，是對排不出大便的患者進行檢查的手段。肛拭子檢查的方法，是將肛管插到肛門內，旋轉幾下后取肛門內的大便。這種檢查方法存在一定的痛苦，尤其對于直腸黏膜病變或痔瘡的患者，除疼痛外甚至可以出現出血。感染中毒型痢疾的患者可以表現為高燒、血壓低、神志改變，但沒有腹瀉癥狀。這時候需要采用肛拭子的方法，采集大便標本，進行大便常規及細菌培養的檢查。若大便內有大量白細胞、少數紅細胞，可以幫助臨床診斷細菌性痢疾。當然需要細菌培養出痢疾桿菌，才能確診是細菌性痢疾。