對于慢性疲勞綜合征，口服中成藥的時候也比較方便，所以一般采用辨證論治的方法。對于氣虛證，首先選用補中益氣丸。而臨床比較常見有肝氣郁結型，對于肝氣郁結，常選用柴胡疏肝散或者疏肝和胃丸加減運用。 對于肝腎虧虛的合并有腰膝酸軟，全身困重的時候，一般選用六味地黃丸、知柏地黃丸。如果合并有眼干、目澀、口干等，往往會選用杞菊地黃丸。而對于肝腎不足，偏于陽虛者的怕冷的患者，可能要選用金匱腎氣丸，進行臨床上的應用。還有一些患者以失眠為主，總覺得全身疲勞，心脾兩虛會選用歸脾丸。對于年輕的女性，因為壓力和工作原因，往往會合并有月經的不調以及痛經等，肝郁脾虛型的時候，會選用逍遙丸。對于有肝郁脾虛，同時病程比較久，然后又合并有熱象，覺得有口苦、口干、全身自覺燥熱不適者，可以選用丹梔逍遙丸。