尿道下裂往往合并陰莖短小，患者可口服或局部使用激素，如睪酮、雙氫睪酮及絨毛膜促性腺激素等治療。為預防術后并發癥，建議患兒于激素治療3個月后進行手術。雖然尿道下裂與陰莖短小通常合并在一起，是同一機理引起的問題，但需要不同的處理方式。當處理尿道下裂時，可處理異位的尿道口和尿道板，但是陰莖短小并不能完全得到解決，因此應用激素是比較好的選擇。此外，隨著患兒發育，陰莖也會逐漸增大，患者陰莖短小的問題可逐漸解決。