陰莖短小分正常情況、異常情況，正常情況如寒冷、緊張，均可引起陰莖外觀短小。通常陰莖短小指小兒正常勃起情況下，較正常小兒明顯短小，建議家長攜兒童到醫院進行陰莖長度測量，包括B超檢查與陰莖拉伸長度測量。 陰莖不同年齡段均有相應長度，如果長度比正常平均值明顯低，即陰莖短小，嚴重的情況稱為隱匿性陰莖。低于2.5個標準差即小陰莖，疾病更加嚴重。