男人陰莖短小的處理辦法，主要有以下幾個方法：1、激素治療：對于年齡比較小的患者，可以通過檢測，觀察男性發生陰莖短小，是否有雄性激素代謝的原因，雄激素水平偏低可能跟睪丸發育有關，或者是染色體的問題。因為染色體畸形，如X、XY，也可以表現為男性形式，但是陰莖發育會比較差。如果有明確的激素代謝問題，可以通過補充雄激素，使陰莖進一步發育、變大；2、手術治療：對于部分已經成年而且激素水平表面比較正常的男性，可以通過整形、美容手術的方式使陰莖進一步發育、變大，如陰莖延長、擴大手術，但手術治療創傷性比較大。