陰莖短小的原因主要有以下幾點：1、垂體功能不足：垂體功能不足為最常見原因，如垂體發生功能障礙時，會導致下丘腦-垂體-性腺軸發生異常，如患者發生松果體腫瘤時，也會導致睪酮水平下降，發生陰莖發育障礙，出現小陰莖；2、雙側隱睪：由于雙側隱睪導致睪酮分泌減少，由于促性腺激素分泌正常，但由于睪酮對促性腺激素反應減弱，如睪丸下降不全或隱睪，就會出現睪酮分泌減少，會出現陰莖發育較小、小陰莖現象；3、染色體異常：如出現XXY染色體時，也會導致睪酮明顯下降，會出現睪丸發育障礙，陰莖比同齡人陰莖短約2.5cm。患者出現上述癥狀時，需及時到兒科或泌尿外科就醫，通過內分泌檢查，多數患者可以找到陰莖短小的原因。