乙肝相關性腎炎，要根據患者的病情表現和病理情況進行治療。如果患者乙肝病毒活動，乙肝DNA在復制、轉氨酶異常，首先要抗病毒、保肝，糾正肝功能的問題再治療乙肝病毒，尿蛋白很大程度上都會減少甚至會轉陰。患者乙肝病毒活動對腎臟的攻擊增加，控制了乙肝病毒復制、控制了乙肝活動，相應的腎臟疾病也會得到緩解。用藥，干擾素或者恩替卡韋類抗病毒藥物，同時還有其他的支持治療。 乙肝相關性腎炎的患者病毒不復制，DNA是陰性，肝功能也正常，但是尿蛋白很多，可以嘗試小劑量、密切監測下用免疫抑制劑。免疫抑制劑是雙刃劍，不但對降尿蛋白有一定效果，還可以降低人體免疫力，可能會導致病毒活躍復制、導致肝炎活動，因此使用免疫劑的過程中，一定要監測患者的肝功能和乙肝病毒，一旦出現病毒復制，一定要及時改變免疫抑制劑的使用，甚至停用，及時加抗病毒藥物。小劑量的他克莫司加上恩替卡韋同時使用，抗病毒和免疫抑制劑同時使用，也需要密切觀察，但也有部分專家不建議這樣用，認為抗病毒治療要優先。