嗎丁啉和奧美拉唑都屬于西藥，區別主要是藥理作用不同，所以化學結構和功效也不同，具體如下：1、嗎丁啉：藥物的商品名，通用名是多潘立酮。多潘立酮屬于外周多巴胺受體的阻滯劑，可以直接作用于胃腸壁，防止胃食道反流，增加胃蠕動、促進胃排空。所以可以有效改善，惡心、嘔吐、消化不良等癥狀，但是通常不影響胃液和胃酸分泌；2、奧美拉唑：屬于PPI類的質子泵抑制劑，可以抑制胃酸分泌，有效緩解胃食管反流的癥狀。同時作為質子泵抑制劑，可以與鉍劑、抗生素三聯或者四聯合用，進行根除幽門螺桿菌感染的治療，通常需要4周左右的療程。所以這兩類藥，雖然都是治療消化系統疾病的常用藥，但是藥物成分不同，所以治療作用、臨床適用癥狀也不同。建議在醫生的指導下，合理使用藥物，并且在使用過程中，需要密切監測不良反應。