法莫替丁、奧美拉唑主要區別在于抑酸效果不同，雖然二者均屬于抑酸藥，但法莫替丁屬于H2受體拮抗劑，奧美拉唑屬于質子泵抑制劑，作用機理存在差異。且奧美拉唑抑酸作用強于法莫替丁，所以在某些特殊疾病中，若需要強烈抑酸，應首選奧美拉唑，如消化性潰瘍、黑便、消化道出血等癥狀。因為奧美拉唑能夠使胃內pH值＞6，使胃內的出血病灶、血痂不易被胃酸溶解，且能促進胃潰瘍及時愈合。對于反流性食管炎、反酸、燒心較嚴重的患者，首選奧美拉唑，因為強烈的抑酸作用，可使患者癥狀較快緩解，但法莫替丁對于凌晨時突然出現反酸，甚至產生饑餓感的癥狀具有一定療效，此時使用奧美拉唑效果較差，可于睡前加用一顆法莫替丁，幫助緩解癥狀。但是應注意長期服用抑酸藥，對機體不利，應在醫生指導下合理用藥。