短期吃雌激素，如只是用藥1-2周，對陰莖不會有太大影響。但如果長期服用雌激素，由于雌激素會對抗體內的雄激素，而陰莖的發育及維持要依靠雄激素，當體內的雄激素功能也隨之減退，陰莖也會變得萎縮。在臨床上的表現，一方面是性欲減退、沒有欲望；另一方面，陰莖勃起硬度也會變差，即俗稱的陽痿。在泌尿外科臨床上也有這樣的實例，在20年前還沒有較多治療前列腺癌藥物時，大劑量雌激素曾被用于治療男性前列腺腫瘤。臨床上有這樣的報告，常年吃雌激素會導致陰莖萎縮、陰莖退化。所以如果患者希望保留性功能，一定不能長時間吃雌激素，否則不僅影響性欲，還會造成陰莖退化、勃起硬度不夠，無法正常完成性生活。