兩側太陽穴出現疼痛有以下一些原因：1、首先要排除或明確是否存在顱內的一些病變導致的這種癥狀，建議行頭顱核磁共振檢查、頭顱血管核磁共振檢查，來明確是否有腦出血、腦梗塞以及腫瘤、血管瘤破裂等一些臨床顱內的器質性病變。如果存在，建議到神經外科會診檢查；2、另外兩側太陽穴疼痛會是由于長期過度疲勞、精神緊張，甚至是出現神經衰弱、植物神經功能紊亂導致的睡眠不足，出現雙側太陽穴疼痛；3、過度飲酒后也會出現這種癥狀；4、目前臨床產生這種癥狀的一個常見原因就是頸椎間盤突出癥，頸源性頭痛。頸源性頭痛的一個癥狀就是雙側太陽穴疼痛，可以進行頸椎的相關檢查，主要是排除延髓及椎體的器質性病變，之后進行頸椎的相關治療。