兩側太陽穴疼需要依據具體情況具體分析，具體如下：1、原發性頭痛：如偏頭疼、緊張性頭痛，可以表現為雙側太陽穴疼。同時患者頭疼病史較長，3-5年或10年以上間斷出現，持續時間較短2-3天，睡覺后自發緩解；2、繼發性頭痛：可以繼發于全身系統性疾病、頭顱器質性疾病，如高血壓病、發燒、顳動脈炎、腦炎、腦膜炎、腫瘤膜下出血、腦部腫瘤、靜脈竇血栓形成等。