兒童衣原體肺炎最典型的癥狀是咳嗽，同時也是常見癥狀。衣原體肺炎的咳嗽多數以干咳為主，呈陣發性。陣咳時可能會比較劇烈，也可能會在夜間咳嗽比較明顯。除咳嗽外部分患者還會出現發燒，可能是高熱，也可能是低熱，多數以低熱為主。部分患者有可能合并有喘息癥狀，或者上呼吸道感染的癥狀，如流鼻涕、打噴嚏、鼻塞、眼部分泌物增多、揉眼，以及咽喉腫痛等。如果癥狀較重，重癥衣原體肺炎可出現重癥肺炎的癥狀，例如可能會出現呼吸急促、呼吸困難、呼吸頻率顯著增快。吸氣時可以看到三凹征，胸骨上窩、肋間隙明顯向內凹陷，重癥患者會出現口唇發干、口唇青紫的情況。如果出現呼吸困難、呼吸急促、精神狀態差等情況，考慮是重癥衣原體肺炎，需要立即帶兒童到醫院就診。