慢性腸炎治療要具體情況具體分析，臨床常見是由細菌感染引起，主要可給予抗菌治療，一般為革蘭氏陰性桿菌引起，喹諾酮類藥物治療可能更有效。 放射性腸炎在治療上主要是去除病因，可以加用腸黏膜保護藥，調節腸道微生態，加益生菌治療。此外，還有炎癥性腸病，主要包括潰瘍性結腸炎和克羅恩病，由于發病機制不清，臨床治療主要以5-氨基水楊酸類為代表藥物治療。如果此類藥物治療控制效果不佳，必要時可加用激素，甚至免疫抑制劑。