慢性腸炎可以由環境、免疫遺傳、精神因素造成，有時與細菌、病毒、立克次氏體等微生物感染有關。如果是細菌感染，比如常見的細菌性痢疾，應積極給予抗生素使用，并且補充電解質，通過緩解癥狀，隨著細菌的控制，癥狀會自然消失。有些慢性腸炎與免疫相關，比如克羅恩病或潰瘍性結腸炎，需要進行激素類或免疫抑制劑類藥物治療。對于以上因素引起的腸炎，主要治療目的是減少并發癥，比如創口出血、梗阻、癌變等，因此定期腸鏡檢查對于結腸炎患者很重要，有時腸炎患者容易出現便血，因此控制因便血引起的營養不良和貧血癥狀，是結腸炎的治療目標之一。