殺滅幽門螺桿菌需要14天，足療程的治療才可能使幽門螺桿菌根除。由于幽門螺桿菌對許多藥均有耐藥性，因此目前臨床上常用四聯療法，即四種藥同時使用，包括兩種抗生素以及質子泵抑制劑和鉍劑。抗生素可以在阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、四環素、喹諾酮類藥物、呋喃唑酮中選擇兩種。其中由于阿莫西林對幽門螺桿菌的耐藥率較小，所以首選阿莫西林，如果對于阿莫西林，即青霉素過敏的情況下，則可以替換為四環素。質子泵抑制劑可以在奧美拉唑、艾司奧美拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑等藥物中選擇一種，而鉍劑常選用膠體果膠鉍或麗珠得樂。目前四聯療法推薦的療程是10-14天，如果沒有嚴重的不適感，需要堅持服藥14天，足療程的治療才能有效地根除幽門螺桿菌、一旦進行幽門螺桿菌的根除，需在醫生指導下規律、系統、足療程治療，否則會培養出新的耐藥菌，使病情加重。