殺幽門螺桿菌需要用兩種抗生素，主要在以下抗生素中選擇搭配，包括阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、喹諾酮類抗生素、四環素、呋喃唑酮。這些抗生素中首選阿莫西林，因為阿莫西林的耐藥性較低，阿莫西林加另一種抗生素搭配使用，以及鉍劑與質子泵抑制劑的四聯療法是較經典的根除幽門螺桿菌的治療方法。如果患者有青霉素過敏史，阿莫西林不能使用的情況下，建議用四環素來代替阿莫西林。目前四環素加呋喃唑酮以及加上質子泵抑制劑加鉍劑，此療法耐藥性較低，根除率較高。如果第一次根除幽門螺桿菌失敗，存在原發性耐藥。第二次根除時，建議選用不同的抗生素，如果兩次治療都失敗了，建議暫時停止治療，停藥半年以后再治療。因為反復的治療，細菌形態會從棒狀變成球狀，對藥物作用不敏感，停止一段時間，使細菌的活性增強，對藥物有反應的情況下再治療，才能較好根除幽門螺桿菌。