幽門螺桿菌殺不死提示可能存在細菌耐藥，從而導致根除失敗。需更換根除方案，進行第2次的根除，甚至第3次根除。臨床上根據既往用藥史，或者第1次根除失敗的用藥史選擇方案，避免使用耐藥性抗生素。同時可以根據幽門螺桿菌的培養，或藥物敏感試驗結果選擇抗生素。建議選擇抑酸作用更強的PPI(質子泵抑制劑)藥物提高根除率，如艾司奧美拉唑或艾普拉唑。根除幽門螺桿菌之前，可以服用2周或4周左右的益生菌輔助提高根除率，如枯草桿菌、雙歧桿菌等，同時降低因服藥導致的胃腸道反應。根除時機建議在前1次根除失敗后，停藥至少3個月以上，再進行下一次的根除，此時細菌防御機能可能下降，細菌活性較高，再根除可以提高根除率。