一覺醒來眼睛疼，主要由以下疾病造成：1、眼部炎性疾病：炎性疾病主要由細菌感染引起，常見的是結膜炎或者麥粒腫造成。細菌感染后會引起結膜炎癥，同時細菌局限感染到眼皮，眼皮上毛囊、毛囊腺或者睫毛毛囊根部皮脂腺(Zeis腺)，形成局限性囊腫或者膿腫，膿腫擴張會形成疼痛的感覺，早晨醒來時由于整晚的細菌繁殖或者感染，使炎癥程度較重，水腫程度更明顯。麥粒腫膿包張力較大，會引起眼睛醒來以后疼痛的感覺。此時需要對眼睛進行消炎治療，不論是麥粒腫，還是結膜炎，治療都相同，應用抗生素眼藥水進行消炎治療，炎癥退掉時疼痛感覺會消失；2、眼壓增高：部分青光眼，早晨眼壓是全天中最高的時間段，眼壓高出高限后會引起眼睛脹痛，醒來后突然感覺眼睛脹或者疼痛，而且此時視力可能有一定程度下降，需要及時去醫院進行眼壓測定，眼壓下降后眼睛疼痛會逐漸緩解。