一覺醒來眼睛感覺疼痛的原因如下：1、麥粒腫：即局部瞼板腺發炎，局部腫脹后壓迫眼睛，感覺疼痛、不舒適；2、眼睛局部炎癥、外傷性感染等：可以造成眼睛疼痛、不舒適。比如急性結膜炎伴有分泌物，并且視物感覺到比較模糊。過敏性結膜炎，感覺眼睛癢、疼痛、流淚較多。角膜炎，包括化膿性角膜炎、外傷性角膜炎、真菌性角膜炎、淚囊炎、瞼緣炎等，都可以引起眼睛疼痛、不舒適；3、過度的疲勞、熬夜、眼睛干澀：也可以一覺醒來感覺眼睛腫、疼、不舒適；4、嚴重的倒睫：也會刺激眼睛，出現痙攣的狀態，出現疼痛表現；5、青光眼：眼睛疼痛、脹痛，甚至伴有頭部疼痛，嚴重的還可以伴有惡心、嘔吐等嚴重癥狀；6、過敏、被蚊蟲叮咬：也會覺得眼睛腫痛、不舒適；7、特發性皮炎：引起局部的癢、刺激、疼痛。局部一只眼睛醒來以后感覺疼痛，有較多因素引起，應該正確地進行診治，減少眼睛疼痛的癥狀。