肺部感染包括細菌、病毒，細菌分普通細菌還有真菌，真菌中也有很多種類，一般住院病人中最常見呼吸道疾病是真菌病即隱球菌感染，還有肺深部真菌病，如白酵母樣感染，多數病人通過痰培養可以診斷。 還有曲霉菌，一般這種病人大部分都是免疫功能有異常，通過影像學還有臨床實驗室檢查可以診斷。 不同肺部感染，治療方法不同，病毒肺炎可以用抗病毒治療，細菌肺炎中根據患者是社區獲得性肺炎，還是院內獲得性肺炎，治療不同，使用抗生素也同。 不同的真菌感染，使用的抗生素也不同。肺部感染中還有結核這種類型。