腦部核磁共振檢查是醫學上的一種查腦部疾病的方式，但是腦部核磁共振檢查，不能檢查出所有腦部疾病。因為磁共振檢查是一種影像學檢查，有一定診斷價值，甚至是重要診斷價值，但是輔助檢查不能替代其他常規檢查，而有些疾病又存在復雜性，有時影像學檢查不能提供較多線索，此時不能夠解決所有問題。疾病診斷是復雜過程，僅一種輔助檢查，如核磁共振檢查，不能檢查出所有的腦部疾病。對于腦梗死、腦出血等腦血管病，核磁共振是精準、有意義的檢查，但如果是疑難疾病，核磁共振可能無法做出診斷，常見分析如下：1、顱內多發異常病灶：核磁共振檢查只能給出建議，具體還要根據患者的臨床表現、病史，甚至是腦脊液檢查、腦部組織活檢等，才能明確病變性質；2、神經變性病早期：阿爾茨海默氏病、帕金森病等，在患者有早期癥狀時，做核磁共振檢查可能發現不了。因為神經變性病具有特殊性，到疾病嚴重程度較重時，才可能會發現有腦組織萎縮，部分患者到晚期時，核磁共振檢查顯示仍然是非特異表現。