正常情況下良性卵巢囊腫CA125不會升高，但是巧克力囊腫即子宮內膜異位癥時會升高。異位在卵巢位置上形成巧克力囊腫，因其內部液體是巧克力顏色，俗稱巧克力囊腫。巧克力囊腫會使CA125明顯高于正常，最多時候可達到200U/ml，正常CA125值在35U/ml以下，患者可到200U/ml左右甚至更高。 但是像幾十或者100U/ml之內這很常見。所以如果CA125增高原因只是巧克力囊腫，患者可不用過度緊張。但若是惡性腫瘤，CA125會不停升高，而巧克力囊是腫良性腫瘤，CA125會有不同波動，但是會有平臺值，不像惡性腫瘤，會一直升高。