巧克力囊腫可表現為CA125增高。大部分患者在發病初期癥狀較輕時，巧克力囊腫較小，CA125可能沒有變化。CA125增高常見于重癥子宮內膜異位癥，或者是深部浸潤型子宮內膜異位癥的患者。一般CA125增高范圍較為寬泛，對于輕度或者輕度升高CA125患者，可以先采取觀察治療。CA125不是特異性和敏感性高的指標，在子宮內膜癌或卵巢癌等疾病中可能水平增高。部分炎性疾病也會導致CA125增高，所以CA125通常用于隨訪、評價手術療效，以及術后復發情況。