巧克力囊腫會引起CA12-5升高。CA12-5是腫瘤標志物，在婦科腫瘤中應用最為廣泛，也較常見，特別是對惡性腫瘤，通常用CA12-5進行鑒別診斷。CA12-5受太多因素影響，如炎癥或懷孕，甚至手術刺激腹膜均會導致CA12-5升高，甚至女性月經來潮時CA12-5可能也會有一過性的升高。 巧克力囊腫是引起CA12-5升高最常見的良性疾病，一般巧克力囊腫導致的CA12-5升高＜200U/mL。如果有巧克力囊腫，同時又有CA12-5的數值升高，且＞200U/mL，這時要重視，需排除有無惡性病變，即巧克力囊腫惡變的情況。