寄生蟲的腸胃炎主要是由于原蟲，或者是腸道內的線蟲、絳蟲所引起。如果在感染原蟲時，尤其是溶組織內阿米巴，能夠看到果醬樣大便，要高度懷疑是不是溶組織內阿米巴，引起的結腸的痢疾、腸炎。另外如果在大便內看到白色的、寬面條樣的節片，同時伴有胃腸道的不適癥狀，要懷疑有沒有腸道絳蟲感染的情況。其他的沒有辦法進行特異性的區別，因為不管是什么引起的腸胃炎，都會有消化不良、腹疼、腹瀉，每天大便＞3次，大便性狀發生了改變，例如水樣便、黏液便、膿血便。不管是何種情況，均無法較好的區別，是細菌還是寄生蟲感染。需要觀察有沒有果醬樣便，如果大便中看到可疑蟲體，送去做鑒定，反推是由于寄生蟲引起的腸胃炎。