下丘腦是神經內分泌和自主神經系統進行整合的高級中樞，對于維持體內環境穩定有非常重要的關系。當下丘腦出現損害時，身體也會出現疾病。比如下丘腦損害后，可能會出現中樞性尿崩。再次下丘腦損害，可能會引起攝食功能異常。下丘腦病變可能還會導致睡眠醒覺周期出現障礙，而且下丘腦可能跟性功能方面也有很大的關系。下丘腦損害還會導致自主神經出現問題，因為交感神經和副交感神經可能都跟下丘腦功能有非常密切的聯系。當下丘腦出現損害時，還可能出現特殊類型的癲癇，如間腦癲癇。由此可以看到，下丘腦對神經內分泌和自主神經功能的調節都有非常重要的作用。