確診肝癌的金標準為取病理，可經皮肝穿刺取出活體組織，在病理切片下確診肝細胞癌或肝膽管細胞癌。對于不容易取到病理，但有多年肝炎、肝硬化病史的患者，可通過監測甲胎蛋白確診。甲胎蛋白大于400ng/ml，持續8周，或者大于800ng/ml，持續4周，可以確診為肝癌。早期隱匿性肝癌確診較為困難，建議有些肝炎患者縮短檢查時間，如3個月復查一次。