進行輸尿管鏡手術患者出現后遺癥，即并發癥或手術合并癥，若患者輸尿管鏡手術順利，一般不會留下后遺癥。若不慎出現后遺癥，則可能結局較差，如成功輸尿管鏡手術將結石取凈后，患者出現繼發性泌尿系統感染，甚至高熱引起感染性休克，此類情況多為患者原來存在感染性結石或本身嚴重感染有關。因此，臨床上需注意早期患者是否出現繼發感染情況。 遠期常見并發癥為無輸尿管狹窄，一般與輸尿管鏡手術無關。結石長期刺激可引起輸尿管息肉或瘢痕形成，手術取出輸尿管結石后結石因素去除，但輸尿管本身瘢痕形成，可造成輸尿管狹窄引起腎積水。因此，遠期需注意有無腎積水病變。