臨床上存在無痛超聲內鏡檢查，所謂無痛即檢查時在患者靜脈注入麻醉藥，使患者處于完全無意識狀態下完成檢查。因為超聲胃鏡檢查多數非常痛苦，患者無法耐受，因此需要麻醉狀態下進行。 但是有一些情況不適合做無痛超聲內鏡，如在超聲胃鏡檢查過程中，需要向胃內注水，會存在胃內水經過食管進入氣管，造成患者誤吸，呼吸不暢，甚至威脅患者生命的危險，這種情況下不選擇無痛而選擇有痛檢查。