超聲內鏡檢查通常在消化科進行，通常鏡子安裝在胃鏡系統上，所以這項檢查通常不是由超聲醫生來做。但是此項檢查與胃鏡類似，有些人會覺得并沒有痛苦，但有些人可能會比較擔心。如果擔心會比較痛苦，也可以選擇無痛的胃鏡。在做胃鏡的時候采用超聲內鏡，既可以看到胃部表面的結構，也能夠透過表面看到胃壁深層的結構。超聲內鏡就是超聲和內鏡的相結合，既能夠看到臟器的腔的表面，又能夠透過表面，用超聲看到內部的結構的變化。