按照膽總管囊腫的分型，可以把膽總管囊腫分為Ⅰ-Ⅴ型，比較常見的Ⅰ型肝外膽管囊狀擴張，手術可以把囊腫完整的切除，Ⅱ型膽總管憩室也可以把憩室進行局部切除，而不至于破壞膽管的完整性，對于以上兩種，實際上手術后復發率是非常低的。如果膽總管末端囊腫以及肝內、肝外膽管同時存在擴張，囊腫累及到胰腺，廣泛的進入到肝臟而導致囊腫無法完整的切除，對于Ⅴ型肝內膽管囊狀擴張是肝內的膽管出現彌漫性的病變，對于這幾型膽總管囊腫，手術很難達到根治，囊腫切除不全而導致復發的可能。另外膽總管囊腫有出現癌變的風險，有的患者在做膽總管囊腫時已經發現有惡性腫瘤的存在，對于這樣的情況，手術后有可能出現癌變復發、轉移的風險。