膽總管囊腫手術過程主要是包括囊腫的完整切除以及膽管、小腸的重建，少數的病人可能合并要做部分肝臟切除。膽總管囊腫向下延伸到胰腺和胰管會合、血管發育異常，導致手術后出現并發癥。比較常見的并發癥包括手術過程當中血管損傷導致的出血，手術后膽管和小腸吻合的地方出現滲漏，特別是膽漏的存在，膽總管囊腫匯入到胰腺和胰管相鄰的部分，由于要盡量的往下切除膽管囊腫，會出現胰腺的損傷，甚至是胰管的損傷，就會出現胰漏。此外，膽總管囊腫周圍包括胃、小腸等。 膽總管囊腫還需要聯合部分肝臟切除，都會增加手術后出血、感染的風險。比較常見的并發癥包括出血、膽漏、胰漏、繼發感染，還有傷口的反應。另外，胃腸道功能在手術后也需要一段時間才能夠康復，因此，一個成功的手術取決于很多方面。