克羅恩病影響的臟器包括： 1、主要影響消化道，包括口腔、食管、胃、小腸、大腸及腸外一些臟器； 2、影響肛門、肛周，出現肛周的膿腫或瘺管； 3、影響口腔，出現口腔潰瘍； 4、影響關節，表現為關節疼痛； 5、影響眼睛，出現視物模糊、眼睛充血等，表現為鞏膜炎或其他相關癥狀； 6、影響肝臟、血液系統，甚至影響兒童的生長發育。