間質瘤組織學病理沒有絕對良惡性，而是評判風險高低。1cm以內胃間質瘤一般認為呈現良性特征，但需病理學活檢評估風險。黏膜下腫瘤相對胃鏡活檢比較困難，特別是在腫瘤較小情況下，很難通過胃鏡第一時間獲得組織學病理。只有通過特別技巧才能取得活檢組織，病理學分析核分裂象、鏡下組成類型，由此評估間質瘤風險分級。