從現在的認識實際已經不把間質瘤簡單地分為良性和惡性。對間質瘤的認識是一個非常漫長的過程，涉及最近三四十年的時間，但對于間質瘤的綜合性治療，只是在近二十年的時間有了長足的進步和更深入的認識。胃腸道間質瘤分為四個等級的危險程度，包括極低危、低危、中危和高危。對于低危和極低危，都認為是危險程度相對較低的患者，這兩類患者都不需要做術后的輔助性治療。對于中危和高危的患者，要做進一步的術后輔助性治療，因此可以把極低危的患者，看作是近似良性的腫瘤患者。但實際上并不這樣，因為有一些非常小的胃腸間質瘤，在治療之后也會出現復發、轉移的情況。因此目前把胃腸間質瘤都定義為存在低度惡性潛能的腫瘤，而不是將其簡單區分為良性或者惡性來看待。但是這類腫瘤會區分其不同的危險程度，根據不同的危險程度和生長部位，選擇最合適的治療方法。