先天性巨結腸在小兒外科是比較常見疾病，手術風險比較大。手術最主要切除病變腸段以及部分過渡段，這是手術目標和宗旨。具體分析如下：1、操作難度大：所有巨結腸都從直腸開始累及，所以手術一定要經過肛門，因而不好操作，難以暴露，手術操作難度比較大。并且從肛門里拖出腹腔的腸管切掉，難度也比較大；2、術后出血：腸管有豐富血運，因而需要將血管切實扎掉，術后可出現出血；3、損傷輸尿管：從肛門里拖出腹腔腸管，可能損傷輸尿管，并且其他腸管由于難以拖出，可能導致長度不夠，目前現在借助腹腔鏡輔助，處理的腸管更多，但容易損傷輸尿管出血；4、可能切不夠：術中無形段可以切夠，因為切腸管的同時需要與病理科進行配合，尋找是否有神經節細胞；5、過渡段難以判斷：過渡段判斷比較難，對病理科醫生和對臨床醫生都是很大的挑戰，國際上或者國內都沒有明確標準，切除長度是否足夠；6、便秘：如果術中切除長度不夠，術后會出現便秘，因為腸道功能不光是神經節細胞，可能其他東西也會影響，所以術后可能出現便秘或臨床表現解決不好的風險。總而言之，其為比較成熟的常見手術，但手術風險也大。