先天性巨結(jié)腸有并發(fā)癥，雖然手術(shù)切除了大腸，根據(jù)術(shù)中的情況有可能切除的腸管比較長，或者全結(jié)腸的巨結(jié)腸術(shù)后容易出現(xiàn)大便次數(shù)排的比較多，出現(xiàn)肛周糜爛。如果手術(shù)切除范圍比較大，術(shù)后有可能有肛門失禁的并發(fā)癥，正常的手術(shù)有可能損傷肛門括約肌引起肛門失禁。手術(shù)年齡2個月以后做最好，早期做巨結(jié)腸根治手術(shù)容易導(dǎo)致并發(fā)癥增多，術(shù)后出現(xiàn)小腸結(jié)腸炎。大部分先天性巨結(jié)腸做手術(shù)不影響正常生活，常見型的巨結(jié)腸占70%以上，手術(shù)后的恢復(fù)可以達到正常的生長需要，不存在并發(fā)癥的出現(xiàn)。