先天性巨結腸有并發(fā)癥，雖然手術切除了大腸，根據(jù)術中的情況有可能切除的腸管比較長，或者全結腸的巨結腸術后容易出現(xiàn)大便次數(shù)排的比較多，出現(xiàn)肛周糜爛。如果手術切除范圍比較大，術后有可能有肛門失禁的并發(fā)癥，正常的手術有可能損傷肛門括約肌引起肛門失禁。手術年齡2個月以后做最好，早期做巨結腸根治手術容易導致并發(fā)癥增多，術后出現(xiàn)小腸結腸炎。大部分先天性巨結腸做手術不影響正常生活，常見型的巨結腸占70%以上，手術后的恢復可以達到正常的生長需要，不存在并發(fā)癥的出現(xiàn)。