肛瘺絕對不會自愈，只要明確診斷是肛瘺，患者必須進行手術治療。除非診斷上沒有明確為肛瘺，可能是肛周感染誤診成肛瘺，手術是治愈肛瘺的唯一手段。但有些肛瘺時間久也可發生癌變，所以肛瘺患者必須行手術治療。 手術前最好能明確肛瘺的竇道位置以及內口位置，可以通過核磁共振以及肛周B超，或者腔內彩超明確竇道位置以及內口位置，對手術幫助較大，會減少手術后的復發情況。